層析新方法也是層析研究熱點之一。高效毛細管電泳法是目前研究最多的層析新方法，這種方法沒有流動相和固定相的區分，而是依靠外加電場的驅動令帶電離子在毛細管中沿電場方向移動，由於離子的帶電狀況、質量、形態等的差異使不同離子相互分離。高效毛細管電泳法沒有HPLC方法中存在的傳質阻抗、渦流擴散等降低柱效的因素，縱向擴散也因為毛細管壁的雙電層的存在而受到抑制，因而能夠達到很高的理論塔板數，有極好的分離效果。
層析的應用可以根據目的分為製備性層析和分析性層析兩大類。
製備性層析的目的是分離混合物，獲得一定數量的純淨組分，這包括對有機合成產物的純化、天然產物的分離純化以及去離子水的製備等。相對於層析出現之前的純化分離技術如重結晶，層析能夠在一步操作之內完成對混合物的分離，但是層析分離純化的產量有限，只適合於實驗室應用。
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